食用菌工廠化必需建設潔凈室，需要建成潔凈室的有：實驗室、預冷室、冷卻室、接種室。食用菌生產的潔凈室除了符合潔凈室基本的規范，還要將食用菌生產的理念和生產流程融入到設計中，美克威爾建議在設計食用菌潔凈室的時候，一定要有食用菌技術人員參與。建議在食用菌工廠凈化裝修要注意以下幾點：
一、潔凈室潔凈度等級
食用菌工廠的凈化級別需要達到萬級標準，高效過濾器出風口需要達到百級。
這個凈化標準是普通凈化室，食用菌工廠的潔凈室，一般物流、人流都較大，而且每天都要有人流和物流。根據菇行天下的經驗，萬級潔凈室在靜態狀態下，是能夠達到萬級標準的，當生產的時候，如出鍋、冷卻、接種的時候塵埃粒子數量迅速增加，無法保證凈化級別。
因此，食用菌工廠凈化室凈化級別最好提高到千級，而且要增加循環風量和循環次數，以保證在生產時動態的凈化級別。
二、潔凈室加裝紫外線殺菌燈和臭氧發生器
食用菌凈化室一般不使用藥物進行消毒，所以在設計凈化室的時候，要安裝紫外線燈管或臭氧發生器，用來消毒空間。
三、潔凈室地面做耐磨處理
預冷室、冷卻室、接種室的地面一定要考慮能否承受周轉車車輪的碾壓，地面一旦損壞很難修補。普通環氧自流平根本無法承受這種頻繁的高強度的碾壓，建議做新型耐磨地面，造價高一些，但是堅固耐用。
四、設計10-15%的新風量
在食用菌潔凈室循環風中保持10-15%的新風量，能夠保證凈化室空氣清新，環境空氣處于動態流動狀態，環境指標更穩定。
五、初效過濾器和中效過濾器要便于更換
初效過濾器和中效過濾器一般采用可以清洗材料制作，設計時要考慮方便清洗時拆卸和安裝。
六、加大風淋室風量
一般凈化公司按照國家標準設計的風淋室風量都偏小，接種室人員流動帶入的塵埃數量較多，所以建議加大風淋室的風量。
七、預冷室、冷卻室和接種室三個凈化室是互通的，要和凈化公司說清楚具體工作流程，避免三個凈化室壓差互相影響。
